На основании приказа Министерства финансов Республики Казахстан от 07.07.1995 года №229 Целиноградский финансово-экономический техникум переименован в колледж. Постановлением Правительства Республики Казахстан от 11.01.1999 года №20 Целиноградский финансово-экономический колледж преобразован в Республиканское государственное казенное предприятие «Акмолинский финансово-экономический колледж». На основании Постановления Правительства Республики Казахстан от 24.07.2007 года №624 РГКП «Акмолинский финансово-экономический колледж» реорганизовано путем преобразования в АО «Центр подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов органов финансовой системы». Приказом Министерства финансов Республики Казахстан от 28.12.2007 года №490 создана дочерняя организация Акционерного общества «Центр подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов органов финансовой системы» Акционерное общество «Акмолинский финансово-экономический колледж». АО «Акмолинский финансово-экономический колледж» стал правопреемником всех прав и обязательств республиканского казенного предприятия «Акмолинский финансово-экономический колледж». Решением Совета директоров от 09.06.2009 года №8 и приказом президента АО «Центр подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов органов финансовой системы» от 10.06.2009 года №63/п наименование АО «Акмолинский финансово-экономический колледж» изменено на АО «Финансовая академия» (свидетельство о государственной перерегистрации № 29779-1901-АО от 18.06.2009 года, выданное Департаментом юстиции г. Астаны). Колледж стал структурным подразделением согласно Уставу Акционерного общества «Финансовая академия».
Согласно Постановления Правительства Республики Казахстан от 12 октября 2021 года № 734 «О реорганизации некоммерческого акционерного общества «Евразийский национальный университет имени Л.Н. Гумилева» путем присоединения к нему акционерного общества «Финансовая академия» колледж вошел в состав НАО «Евразийский национальный университет имени Л.Н. Гумилева» как структурное подразделение 1 апреля 2022 года.